水磨溝境內有水磨河和季節性的八道灣河。水磨河屬于烏魯木齊河水系的一部分。水磨河發源于博格達山西側的低山帶,由熔巖裂隙溢出泉匯集而成,是一條以地下水補給為主的河流,由東溝、南溝、水磨溝、硫磺溝、葦湖梁溝等支流匯集而成。水磨溝區地表水主要為水磨河水系。其水質好,流量穩定,年徑流量為0.404億立方米。水磨河全長50千米,流域面積500平方千米,澆灌著七道灣和米東區境內的6 700多公頃農田。水磨河位于烏魯木齊河谷地帶,地下水充沛,年補給量約0.97億立方米。因受水磨溝--白楊溝斷裂影響,地下水沿構造斷裂裂隙出露地表,在水磨溝形成泉群,匯集成河。水磨溝泉水含有豐富的礦物質,經國家地質礦產部巖溶科研所進行水質分析,定名為“優質飲用天然鍶礦泉水”。